Beim Zeitfahren geht es darum, innerhalb kürzester Zeit eine bestimmte Strecke zu fahren. Beim Münchner-Sechs-Tage-Rennen findet das Zeitfahren über 500 Meter mit fliegendem Start statt. Die Zeit wird für jeden Fahrer einzeln gestoppt.
Durch den gestaffelten Start sind die Fahrer auf sich allein gestellt; der Kampf gegen die Konkurrenz findet nur indirekt - auf der Uhr - statt. Windschattenfahren ist, außer im Team untereinander, streng verboten und wird mit Zeitstrafen geahndet.
Die sechs schnellsten Teams erhalten der Reihe nach 20, 12, 10, 8, 6 und 4 Punkte für das Gesamtklassement.